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Non solo è remota la frequentazione del territorio di Aquilonia, risalendo al IV secolo A.C. i ritrovamenti archeologici effettuati in località Groneggiante, ma vi è abbondanza di materiale archeologico sia in altri siti (Contrada Castelvetere, Contrada Mattina), che in riferimento ad epoche posteriori (Romani).
Il territorio di Aquilonia doveva essere coperto di vasti e folti boschi, oggi scomparsi a causa dello sfruttamento agricolo del suolo. La conferma da un lato, è etimologica, derivando il nome del paese dal latino, col significato di "bruna, oscura", in riferimento ai boschi scomparsi, dall'altro, è economica, visto che lo sfruttamento del legno dei boschi per la produzione del carbone aveva fatto chiamare il paese "Carbonara".
Di tale paese, derivato dall'aggregazione di Casali divisi per lungo tempo, si ebbe menzione per la prima volta in un documento del 1078, quando le milizie di Roberto il Guiscardo rasero al suolo il suo castello.
Tra i vari feudatari che si sono succeduti nel possesso di Aquilonia ricordiamo i Cotigni, i Del Balzo, i Caracciolo e gli Imperiale di S. Angelo dei Lombardi.
Il 21 ottobre del 1860 ad Aquilonia si verificò una sanguinosa reazione antiliberale, che causò diverse vittime e provocò una durissima repressione.
Nel 1862, per far dimenticare il nome Carbonara legato a tali tristi vicende, lo si sostituì con "Aquilonia", ritenendo, erroneamente, che il paese fosse sorto sulle rovine dell'antica Aquilonia, dove, nel 293 A.C. la Lega Sannita venne duramente sconfitta dai Romani. Ma come già abbiamo scritto in merito alla storia della limitrofa Lacedonia, tale tesi è errata.
Tuttavia, l'Aquilonia di cui stiamo scrivendo, non è l'attuale Aquilonia, visto che il tremendo terremoto del 23 luglio 1930 distrusse Aquilonia, perciò detta vecchia, oggi abbandonata, di cui restano in piedi sia i ruderi di edifici civili del XIX secolo con bei portali in pietra, che ruderi di edifici religiosi.