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Dalla navata centrale si sale al Transetto (o Crociera) elevato di due scalini. Al centro, venne posto un nuovo altare, semplice ed in marmo bianco, posizionato secondo quanto previsto dalla Riforma liturgica del Concilio Vaticano II, onde permettere la celebrazione dell'Eucaristia rivolti verso i fedeli. Nella piccola urna sotto l'altare, si trovano delle reliquie dei Martiri avellinesi.
Davanti all'altare sono collocati l'ambone ed il fonte battesimale, mentre ai suoi lati, si trovano dei sedili in pietra per i sacerdoti che concelebrano col Vescovo nelle feste più importanti.
Sul lato sinistro, si trova il bel quadro della Sacra Famiglia e sul lato destro, quello del martirio di S. Lorenzo, opere dell’artista Achille Iovine.
Sotto al cornicione, in quattro nicchie, si trovano le statue in stucco ed a grandezza naturale dei quattro Evangelisti, con a sinistra, Marco e Giovanni e sulla destra, Matteo e Luca. Tra gli archi ed il cornicione sono riprodotti, subito dopo l'ambone, S. Gregorio Nazzareno, S. Ambrogio, S. Atanasio, S. Girolamo, S. Celestino I Papa, S. Giovanni Crisostomo, S. Basilio e S. Agostino.
Sul braccio sinistro del transetto troviamo i quadri di S. Francesco Saverio (a sinistra), a cui è intitolata l'omonima Confraternita con sede nella chiesa, S. Carlo Borromeo e la peste di Milano (a destra), a cui era dedicata la chiesa dell'ospedale dei Fatebenefratelli che chiudeva la Piazza o Largo (divenuto poi teatro comunale). Sul braccio destro del transetto, troviamo (a sinistra) un quadro di S. Andrea Avellino, teatino, che mentre celebra la messa vede l'ostia trasformarsi nel Bambino Gesú vivo nelle braccia della Madonna, ed a destra un quadro di S. Modestino. II quadro al centro del soffitto ritrae S. Gaetano da Thiene, fondatore dei Teatini (o Chierici Regolari) ai quali appartennero alcuni vescovi avellinesi. Le cinque tele sono opera di Angelo Michele Ricciardi.