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In località Acqua dei Salici, ad un paio di chilometri dal borgo, è stata rinvenuta un'area archeologica, che conferma la frequentazione umana sin dall'età del Ferro (tracce di insediamenti). Inoltre, sono venuti alla luce reperti risalenti al tempo degli Hirpini, datati IV-III sec. A.C. (villaggio) e romana (grande villa rustica realizzata sui resti del villaggio).
In origine, il paese si trovava in prossimità di Carife ed era denominato San Nicola ad Salices. Sembra che la prima parte della denominazione derivi da una struttura religiosa dedicata a S. Nicola di Bari, ancora oggi assai venerato nell'area.
Ripetuti e tremendi sismi ridussero il borgo ad un cumulo di macerie, tanto da indurre i superstiti a trasferirsi sulla collina "Difesa", in posizione più felice ben irradiata dai raggi solari, in vicinanza del ruscello "Vallone S. Nicola". Qui venne edificato il nuovo borgo, detto San Nicola ad Ripas (o de Ripa), nome ancora utilizzato nel XIV secolo.
Amministrativamente e politicamente, durante il Medioevo San Nicola Baronia ha fatto parte della Baronia di Vico, seguendone le sorti, e fu legata a Trevico fino al Rinascimento. Suoi feudatari furono i Del Balzo, i Carafa ed i Caracciolo di S. Vito, che la tennero fino al 1806.
I tremendi terremoti che hanno colpito il borgo nel corso dei secoli, di cui si ricordano specificamente quelli del 1694, 1783, 1930 e del 1980, hanno spogliato San Nicola Baronia della sua vecchia architettura civile, religiosa ed artistica.